V otázke zneškodnenia alebo možného prežívania rastlinných a živočíšnych patogénov prevláda nielen verejne, ale čiastočne aj medzi odborníkmi nedostatok povedomia o schopnosti patogénov prežívať, resp. neprežívať meniace sa podmienky prostredia. V tomto článku sa preto pokúsime o priblíženie kľúčových aspektov prostredia vedúceho k množeniu versus k potlačeniu patogénov, o oddelenie neopodstatneného strachu od skutočných rizík, ktoré treba ošetriť, a o možnosti potlačenia patogénov kompostovaním.
Na začiatok treba zodpovedať otázku, prečo máme v otázke patogénov historicky viac strachu ako dát a čo je dôsledkom takéhoto stavu?
Schopnosť eliminovať patogény v prostredí človeka bola po tisícročia otázkou života a smrti. Naše súčasné poznatky v oblasti nakladania s mikrobiálnymi patogénmi stoja na dvoch hlavných pilieroch:
1.
Iniciálne experimenty Louisa Pasteura v 19. storočí ukázali, že účinným spôsobom eliminácie patogénov je po ňom pomenovaná "pasterizácia". Ide o
zabitie patogénov
. Najčastejšie zabíjame patogény teplom, antimikrobiálnymi látkami alebo žiarením. V extrémnom prípade zabijeme patogény spálením, čím ich zničíme energeticky a v závislosti od podmienok ekologicky a zdravotne problematickým spôsobom spolu aj s ich nosičom/substrátom.2.
Metódy skúmania mikrobiómu boli až do umožnenia DNA sekvenácie na prelome 21. storočia obmedzené primárne na počítanie mikrobiálnych kolónií vypestovaných na živných médiách v miskách. Živné médiá pritom vyhovujú menej ako 0,1 % mikrobiálnych druhov pôdy (pričom pôda je naším najväčším genetickým zdrojom). Táto metóda je preto vhodná na potvrdenie prítomnosti patogénov, ale zvyšných 99,9 % prospešného mikrobiómu takýmto spôsobom nevieme identifikovať napriek tomu, že práve