Účtovné jednotky štátnej správy a samosprávy účtujú podľa metodiky založenej na akruálnom princípe, čiže na báze porovnania časovo rozlíšených nákladov a výnosov. Akruálny princíp v účtovníctve znamená, že sa náklady a výnosy účtujú do účtovného obdobia, s ktorým časovo a vecne súvisia. Náklady a výnosy sa účtujú teda do mesiaca, s ktorým časovo a vecne súvisia bez ohľadu na to, či do mesačnej uzávierky je alebo nie je k dispozícii účtovný doklad. Je to systém účtovania založený na „vzniku prípadov“. Pri uplatňovaní akruálneho princípu sa majetok, záväzky, vlastné zdroje, náklady a výnosy účtujú a vykazujú v účtovnej závierke vtedy, keď spĺňajú definície uvedené v zákone č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v z. n. p.
Zavedenie akruálneho princípu v účtovníctve štátnej správy a samosprávy nahradilo hotovostný princíp. Podstatou tejto metodiky je, že peniaze sa účtujú vtedy, keď peňažný záväzok vznikol. Nezáleží teda na tom, v ktorom roku peniaze „prídu“ alebo „odídu“. Napríklad, ak sa platí nájomné na viac rokov vopred, odoslaná suma sa rozpočíta na príslušné roky.
V prípade transferov (t. j. bežných výdavkov, kapitálových výdavkov, grantov, dotácií) ide o vzájomné finančné a nefinančné vzťahy, ktoré sú rozdelené medzi subjekty verejnej správy do štyroch skupín:
- ústredná správa – správcovia kapitol štátneho rozpočtu a ich rozpočtové organizácie (RO) a príspevkové organizácie (PO),
- územná samospráva – obce a vyššie územné celky a ich RO a PO,
- špeciálna skupina verejnej správy – verejné vysoké školy, Sociálna poisťovňa a Všeobecná zdravotná poisťovňa, štátne fondy, Slovenský pozemkový fond, Fond národného majetku, Slovenské národné stredisko pre ľudské práva, Ústav pamäti národa, Úrad pre dohľad nad zdravotnou starostlivosťou a Slovenská konsolidačná, a.s., štátne podniky,
- ostatné subjekty (cudzie) – podnikateľské subjekty, občianske združenia, nadácie, EÚ a ďalšie.
Toto členenie verejnej správy zabezpečuje oddelené sledovanie transferov medzi jednotlivými skupinami, čo je dôležité pre následné zostavenie konsolidovanej účtovnej závierky a súhrnnej účtovnej závierky. Pri finančných transferoch ide o poskytovanie finančných prostriedkov od zriaďovateľa a pri nefinančných ide o čerpanie zdrojov rozpočtovými organizáciami štátu, a to prostredníctvom výdavkového účtu v Štátnej pokladnici.
Transfery (bežné výdavky, kapitálové výdavky, granty, dotácie) rozdeľujeme podľa viacerých hľadísk – členenie transferov na bežné a kapitálové transfery, ďalej na účelový transfer alebo neúčelový transfer. Z pohľadu účtovného zobrazenia je dôležitá skutočnosť, odkiaľ transfer plynie, resp. či je transfer poskytnutý od zriaďovateľa, od iného subjektu v rámci verejnej správy alebo od subjektu mimo verejnej správy.
Po našom vstupe do Európskej únie sme získali oprávnenie čerpať prostriedky zo štrukturálnych fondov EÚ, ktoré sú určené na prekonanie rozdielov medzi ekonomicky silnejšími a slabšími regiónmi v rámci EÚ – financujú viacročné programy regionálneho rozvoja, ktoré spoločne pripravujú regióny, členské štáty a EÚ. V účtovných jednotkách štátnej správy a samosprávy sa transfer od Európskych spoločenstiev považuje za transfer od subjektu, ktorý nie je subjektom verejnej správy