Vzhľadom na  štruktúru výkazov je možné kontrolovať údaje samostatne v aktívach súvahy, pasívach súvahy a výkaze ziskov a strát, ale takisto existujú kontroly medzi výkazmi a poznámkami ako súčasť účtovnej závierky. Pretože individuálna účtovná závierka tvorí jeden celok, treba pamätať práve na kontrolné väzby medzi jednotlivými časťami účtovnej závierky. Uvedené kontroly nepredstavujú detailnú kontrolu účtovných údajov, sú zamerané na niektoré účty a vychádzajú z dodržiavania opatrenia Ministerstva financií Slovenskej republiky z 8. augusta 2007 č. MF/16786/2007-31, ktorým sa ustanovujú podrobnosti o postupoch účtovania a rámcovej účtovej osnove pre rozpočtové organizácie, príspevkové organizácie, štátne fondy, obce a vyššie územné celky v z. n. p. (Postupy účtovania).

Formálna kontrola výkazov

Po formálnej stránke treba skontrolovať správny dátum zostavenia účtovnej závierky, za ktorý sa považuje deň pripojenia podpisového záznamu osoby zodpovednej za zostavenie účtovnej závierky, osoby zodpovednej za vedenie účtovníctva a štatutára alebo člena štatutárneho orgánu k výkazom. Dátum, ku ktorému sa zostavuje riadna účtovná závierka, je vždy 31.12.

Prvou kontrolou číselných údajov je kontrola rovnosti aktív a pasív a výsledku hospodárenia vo výkaze ziskov a strát a v pasívach. Súčtové riadky vo výkazoch musia pozostávať z hodnôt, ktoré sú uvedené v riadkoch súčtu. Kontrolu bilančnej kontinuity zabezpečíme porovnaním predchádzajúceho obdobia vykázaného k 31. 12. 2010 s hodnotami uvedenými za bežné obdobie v účtovnej závierke za predchádzajúci rok.

Vecná kontrola aktív súvahy

Údaje v aktívach sa vykazujú s kladným znamienok, to sa týka aj údajov v stĺpci 2 korekcie. V tomto stĺpci sa vykazujú odpisy k dlhodobému majetku a opravné položky k majetku, zásobám a pohľadávkam.

K pozemkom, umeleckým dielam a zbierkam a predmetom z drahých kovov je možné vykazovať len opravné položky účtované na účte 092 – Opravná položka k dlhodobému hmotnému majetku. Podobne k poskytnutým preddavkom sa vykazujú korekcie len v podobe vytvorených opravných položiek.

Obce a rozpočtové organizácie, ktorými sú kapitoly štátneho rozpočtu, môžu účtovať o položkách dlhodobého finančného majetku v podobe majetkových a dlhových cenných papierov. Podielové cenné papiere a podiely v dcérskej účtovnej jednotke sa účtujú na účte 061 (väčšinové podiely na základnom imaní spoločnosti, 51 % a viac), podielové cenné papiere a podiely v spoločnosti s podstatným vplyvom na účte 062 (podiel na základnom imaní od 20 % do 50 %) a ostatné minoritné podiely na účte 063.

Pri účtoch zúčtovania medzi subjektmi verejnej správy sa kontrolujú účty skupiny 35. Rozpočtová organizácia, ktorá je kapitolou ŠR, vykazuje na účte 356 – Zúčtovanie transferov zo štátneho rozpočtu v rámci konsolidovaného celku poskytnuté kapitálové transfery zriadeným rozpočtovým organizáciám a